鴨川上空での戦いから数ヶ月後。地球から遠く離れたポリヘドロン宙域・レ・ガリテでは、ディセルマインの監視の下、ランがウォクス・リンファを使用した実験に参加していた。
その最中、デ・メトリオ軍の奇襲を受ける実験施設。その部隊の中にはウォクス・イグニスの姿があった。
そして地球日本――レ・ガリテやデ・メトリオなどポリヘドロンの各国家をまじえた宇宙規模の国際会議が行われることに沸き立つ千葉鴨川では、高校三年に進級したまどかが、自分の進路を決めかねたまま、ランとムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。
その頃、国際会議のために鴨川に近づくファロスにウォクス・イグニスが接近中との報が入る。まどかは「ムギナミが帰ってきた！」と喜ぶが……
